Se han propuesto varias teorías en cuanto a la causa del síndrome. Podría tratarse de un virus o un desequilibrio de la serotonina, neurotransmisor que afecta al sueño, y de sustancias químicas como las endorfinas, que son analgésicos naturales del cuerpo. Las investigaciones de estas y otras teorías siguen en curso.
Vistos al microscopio, los músculos de los que padecen del síndrome de fibromialgia parecen estar sanos, pero las zonas de las células donde se produce la energía pueden no estar funcionando con normalidad. Se desconoce tanto la causa como la cura. En muchos casos, el paciente relaciona la aparición de los síntomas con un suceso traumático en particular, físico o emocional, mientras que para otros el comienzo fue más sutil.
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